Giratina es el único Pokémon que viven en el Mundo Inverso, una dimensión poco conocida, adyacente a la nuestra.Enfurecido porque Dialga y Palkia interrumpen el tiempo y el espacio, arrastra a Dialga en al Mundo Inverso para una batalla, pero se rompe el conflicto por un pequeño Shaymin, el Pokémon Gratitud!

DespuésShaymin se encuentra con Ash y sus amigos y pide ayuda telepaticamente para reunirse con sus amigos, los otras Shaymins.

Poco después de que Ash y sus amigos aceptaran ayudar a Shaymin, son arrastrados al Mundo inverso y conocen a Newton Graceland, que ha estado investigando el misterioso reino. Lo que no saben es que el ex asistente de Newtown, Zero, trata de aprovechar la energía de Giratina para gobernar el Mundo Inverso, incluso si eso significa destruir el mundo real!

¿Pueden nuestros héroes y sus Pokémon frustrar los malvados planes de Zero y proteger los dos mundos? Sabra Giratina resolver sus diferencias con Dialga?